Le retable majeur et les images de saint François et de saint Antoine
L'arc du retable au-dessus du tabernacle, où se trouve parfois l'Enfant Dieu, est très simple et est probablement l'un des plus anciens du style rococo. Il est concave, avec une colonne et un édicule de chaque côté, dans une variante d'un dessin provenant d'autres œuvres connues de cette époque. La conception de ce retable pourrait être l'œuvre du sculpteur José Pereira Veloso, non seulement en raison de ses détails, mais aussi parce qu'il a été témoin de l'acte au cours duquel le contrat pour le retable a été signé. Cependant, il existe des opinions divergentes selon lesquelles le retable pourrait avoir été endommagé par les mains de José Álvares de Araújo.
Toujours sur le maître-autel, sur les socles décoratifs appelés «rocalhas», ont été placées deux images, apportées par le Vénérable Tiers-Ordre de Saint-François, lorsqu'il a repris l'église du Recolhimento, de l'église démolie des Tiers, en 1931. Ce sont deux images du XVIIIe ou XIXe siècle, qui représentent : du côté de l'évangile, Saint François d'Assise et du côté de l'épître, Saint Antoine de Lisbonne.
La sculpture polychrome de saint François d'Assise apparaît sur une base rectangulaire noire, à trois niveaux et un globe bleu orné d'étoiles argentées à sept branches. Il est présenté en robe monastique capucine ornée d'une frise dorée, ceinte à la taille par un cordon doré, qui tombe presque jusqu'à ses pieds. Les manches sont bordées d'or et froncées. Jambe droite légèrement pliée. Dans sa main droite, il tient un crâne et dans sa gauche un crucifix cylindrique, décoré de branches coupées et de l'image du Christ Crucifié. Les blessures sont marquées à la peinture rouge au centre des pieds et des mains découverts, stigmates de la vision du Christ crucifié. Visage chargé et baissant les yeux, mais légèrement tourné vers la gauche. Il est représenté avec une barbe fourchue et des cheveux bruns courts et ondulés. Surmonté d'un éclat qui retient une pierre rouge au centre.
Du côté de l'épître, et au même niveau, on retrouve une sculpture de Saint Antoine de Lisbonne, polychrome et or. Il s'agit d'une figure masculine avec un garçon, en pleine forme, debout en position frontale. Il apparaît représenté avec un visage jeune, aux cheveux courts et ondulés, la tête légèrement inclinée vers la gauche, comme s'il prêchait. Le bras droit est levé et une fleur de lys à la main, le gauche soutient un livre fermé sur lequel se trouve un mouchoir blanc et un garçon nu debout, les bras ouverts, les jambes légèrement fléchies, qui le regarde. Il est vêtu d'un habit franciscain marron, décoré de motifs floraux et géométriques dorés. A la taille se trouve un cordon doré qui retombe légèrement et revient dans la main du Garçon. Aux pieds, il porte des sandales marron et sur la tête, il a un éclat argenté.
Encadrant le retable, se trouvent deux colonnes composites à fût lisse décorées d'applications de feuillages d'acanthe et de coquilles qui, avec les niches, soutiennent l'attique, avec un fronton incurvé et brisé, avec des moulures sinueuses et des éléments sculpturaux qui convergent dans un dais central, créant un important point focal visible.